Geboren wurde Gertrud Maltz-Schwarzfischer in Münchberg in Oberfranken. In Selb besuchte sie die Volksschule, 1970 zog die Familie nach Regensburg. Sie besuchte das Von-Müller-Gymnasium und studierte nach dem Abitur an der Universität Regensburg Vor- und Frühgeschichte und Klassische Archäologie mit Abschluss Magister Artium. Nach Mitarbeit bei verschiedenen Museums- und Denkmalpflegeprojekten, Familienpause und langjähriger Arbeit bei Firmen für archäologische Ausgrabungen und Computerdokumentationen im Raum Regensburg war sie als freiberufliche Archäologin tätig.
Seit 1995 ist sie Mitglied der SPD. Schwerpunkte ihrer politischen Arbeit setzte sie in der Frauen, Sozial- und Integrationspolitik, aber auch in der Schul-, der Kultur-, der Umweltpolitik und bei der Stadtplanung. Die gleichberechtigte Teilhabe aller am Leben in der Stadt sind ihr ein Anliegen. Wichtig ist ihr dabei der Dialog mit Bürgerinnen und Bürgern.
Seit 2008 war sie im Stadtrat als stellvertretende Fraktionsvorsitzende und Sprecherin der Fraktion im Sozialausschuss, Mitglied im Planungsausschuss, im Schulausschuss und im Kulturausschuss tätig. Ferner war sie beratendes Mitglied des Ausländerbeirates, Mitglied der Arbeitsgruppe Radverkehr und gehörte dem Verwaltungsrat des Theaters und dem Aufsichtsrat der Regensburg Tourismus GmbH an.
Am 8. Mai 2014 wurde Gertrud Maltz-Schwarzfischer zur zweiten Bürgermeisterin gewählt. Neben der allgemeinen Vertretung des Oberbürgermeisters oblag ihr das Amt für Jugend und Familie, das Sozialamt und das Seniorenamt sowie die fachliche Zuständigkeit für das Job-Center und die Regensburg SeniorenStift gemeinnützige GmbH. Sie gehörte als weitere stellvertretende Vorsitzende dem Verwaltungsrat der Sparkasse Regensburg an sowie dem Aufsichtsrat der Stadtwerke Regensburg, der Regensburg SeniorenStift gGmbH und der Trägerversammlung des Jobcenters.
Seit der vorläufigen Dienstenthebung von Joachim Wolbergs am 27. Januar 2017 führte Gertrud Maltz-Schwarzfischer nach der in der Bayerischen Gemeindeordnung vorgesehenen Vertretungsregelung die Amtsgeschäfte des Oberbürgermeisters. Bei den Kommunalwahlen 2020 wurde sie in der Stichwahl am 29. März zur Oberbürgermeisterin gewählt.
Seit vielen Jahren unterstützt sie als Mitglied zahlreiche Organisationen wie Regensburger Eltern e.V., Frauennotruf, Arbeitskreis Kultur Regensburger Bürger, Kunstverein GRAZ, Kunst- und Gewerbeverein und Landesbund für Vogelschutz. Entspannung findet sie beim Lesen, bei Gartenarbeit, im Kino, Theater oder bei Konzerten, vor allem aber beim Zusammensein mit Familie und Freunden.
Am 23. November 2022 wurde Oberbürgermeisterin Gertrud Maltz-Schwarzfischer in das Präsidium des Deutschen Städtetags gewählt.